晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…
演员：水田山葵 大原惠美 嘉数由美 木村昴 关智一 三石琴乃 藤本千秋 龙田直树 松本幸 三瓶由布子 堀江由衣 爱河里花子 土师孝也 石井康嗣 川村万梨阿 高户靖广 饭田利信 寺崎贵司 浦川泰幸 宫本启丞 小松靖 林和人 上山千穗 岛本真衣 铃木诗织 千叶繁 松平健 向井理
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