晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…
演员：汤姆·汉克斯 蒂姆·艾伦 唐·里克斯 吉姆·法尼 华莱士·肖恩 约翰·拉岑贝格 安妮·波茨 约翰·莫里斯 伊瑞克·冯·迪滕 劳里·梅特卡夫 李·厄米 佩恩·吉列特 杰克·安杰尔 黛比·德里贝里 比尔·法玛尔 雪莉·琳恩 斯科特·麦克菲 米凯·麦高万 杰夫·皮金 菲尔·普洛克特 扬·拉布森 乔·兰福特 安德鲁·斯坦顿 内森·连恩 约翰·拉塞特 卢卡·佩洛斯 埃林·萨贝拉
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演员：高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 林原惠美 绪方贤一 岩居由希子 高木涉 大谷育江 松井菜樱子 榎本充希子 高岛雅罗 百百麻子 岸野幸正 飞田展男 茶风林 井上和彦 汤屋敦子 千叶一伸 富永美伊奈 川岛得爱 浦山迅 中友子 私市淳 志村知幸 鸟海胜美 冈村明美 西前忠久 利根健太朗 庄司宇芽香 川原庆久 安村直树 诸国沙代子 博多大吉 上户彩 古谷彻
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